Przygotowywał się do kapłaństwa w Corpus Christi College w Clayton, ukończył studia teologiczne w Catholic Theological College oraz uzyskał dyplom z fizyki na Uniwersytecie Monash. Jako diakon posługiwał w parafii Warrnambool, zanim przyjął święcenia kapłańskie w diecezji Ballarat w 1991 roku, posługując w parafiach Hamilton, Colac i Ballarat Cathedral. Następnie podjął studia podyplomowe z filozofii na Katolickim Uniwersytecie w Leuven w Belgii, gdzie uzyskał tytuł magistra i doktora. Jego rozprawa doktorska została opublikowana przez Fordham University Press. Przez kilka lat wykładał filozofię na Australijskim Uniwersytecie Katolickim w Ballarat. Większość jego zajęć dydaktycznych odbywała się w Catholic Theological College w Melbourne, gdzie w 2011 roku uzyskał tytuł magistra. W następnym roku został mianowany profesorem nadzwyczajnym na University of Divinity. W latach 1998–2001 był sekretarzem biskupa Ballarat i przewodniczącym Rady Doradczej Biskupa Diecezji Ballarat od jej powstania w 2009 roku. Dwukrotnie był członkiem Kolegium Konsultorów Diecezji Ballarat, a także przewodniczącym dwóch funduszy wspierających czynnych i emerytowanych księży diecezji. W latach 2012–2014 był rzecznikiem Kościoła katolickiego podczas dochodzenia parlamentarnego stanu Wiktoria w sprawie postępowania z nadużyciami wobec dzieci przez organizacje religijne i pozarządowe.

Papież Franciszek mianował biskupa Mackinlaya ósmym biskupem Sandhurst 23 lipca 2019 roku. Od tego czasu został wybrany na wiceprzewodniczącego Piątej Rady Plenarnej Australii i jednego z australijskich członków Synodu na rzecz Kościoła Synodalnego. W 2019 roku poproszono go o dołączenie do Międzynarodowej Komisji Metodystyczno-Rzymskokatolickiej, a w 2022 roku został mianowany jej współprzewodniczącym.